俗稱救命錢的第二預備金，近三年部會預算保留率超高，行政院、主計總處也不例外，更有機關百分百保留，除了備而不用、浮編外，國民黨立委發現，今年有部會拿二備金去增設校系、支應替代役男訓練費，過去甚至被拿去美化大樓外牆，完全不符設置用途，挨批使用浮濫，淪為「政院或部會小金庫」。
二備金多半用於重大天災，非緊急或非公務預算不能支用時，以及因應原列經費不敷、臨時需要才能動支。觀察二○二一年至二○二三年度動支表，保留率超過百分之五十者就有九個項目，行政院、主計總處、內政部役政司、法務部行政執行署保留逾百分之九十二以上，國發會更達到百分之一百，且還能留到次年使用。
國民黨立委李彥秀以今年度為例指出，二備金編列七十四億元，已經用掉卅億元，其中包括大學增設保安警察學系所、替代役備役役男訓練經費、國家重點領域校際研教園區計畫工程經費、少年保護管束風險管理試辦計畫計畫，原該以公務預算支應的項目卻動支二備金，浮濫程度嘆為觀止。
更離譜的是，今年用不完還能留到次年使用。李彥秀指出，二○二一年度，財政部關務署基隆海關大樓外牆美化及中央空調汰換需要一九○八萬，不符二備金設置目的，其中百分之五十七的經費還保留到次年使用。
另外，二○二三年，法務部調查局匡列一點九二億元，僅動支四九四二點三萬元。調查局匡列這筆二備金是為打詐，向東歐國家保加利亞採購設備，僅動支四千萬元，全因採購當時，正逢保加利亞「政權交替」，保國政府不予核發出口許可，才僅動支四千多萬元。
有立院人士追蹤該案狀況，卻被告知該案已經結案，再隔一年後，僅再多動支四千多萬元，因保國廠商各項違約及驗收功能不齊所致，故該筆二備金款項保留數實際上約有一億。
世新大學行管系副教授方凱弘說，二備金理論上要當年度執行完成，但行政部門知道特定事項是今年度或明年度執行，故用保留方式做處理，形同爭取預算的策略。
方凱弘認為，可能會有種情況是，二備金形同「空白授權」。民眾黨主席柯文哲任台北市長時就曾被質疑過，彈性支用額度太大。倘若以預備金方式處理，把額度、規模編大一點，行政部門在編列預算時，已有預期何種科目可以爭取到預備金，便可能躲掉立法院的監督，這是制度上的可能情況。
李彥秀強調，公務預算須立法院事先審查通過始可動用，二備金卻「先斬後奏」，事後才由行政院編具動支數額表送立法院審議，未來將加強審查，濫用將依法究責。
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